世界文化遺産「北海道・北東北の縄文遺跡群」の構成資産である「史跡垣ノ島遺跡」に隣接し、縄文文化を今に伝える博物館。
　函館市内で発掘された石器や土器、装飾品など約1200点のほか、北海道唯一の国宝「中空土偶」を常設展示しています。
　また、ミニチュア土器作りや縄文編み体験などといった、様々な体験メニューがあり、ものづくりを通じて縄文文化に触れることができます。
　併設の道の駅「縄文ロマン 南かやべ」では、地元の特産品や縄文にちなんだアイテムのほか、縄文人がよく食べていたとされているクルミをトッピングした「じょうもんクルミソフト」などが人気です。

【2021年11月11日　一部修正】