阿弥陀寺内にある御三階はかつては鶴ヶ城本丸内にあった建物です。外観上は三階ですが、内部が四層になっており密議の場所として使用されたといわれています。

明治3年本丸にあった鶴ヶ城御三階は阿弥陀寺にうつされ、仮本堂として使用されました。また阿弥陀寺には、戊辰戦争戦死者が埋葬（東軍墓地）されており、斉藤一の墓、萱野権兵衛遥拝碑もあります。